营改增后，房地产行业被纳入增值税征收范围。由于营业税属于价内税而增值税属于价外税的区别，同时考虑增值税差额政策，营改增前后房地产开发企业土地增值税清算收入确认有较大的变化，特别是按照一般计税方法计税项目的土地增值税清算收入的变化。
实务分析：
1、房地产开发企业土地增值税清算收入的确认
根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）规定：适用简易计税方法的房地产开发企业纳税人，其转让房地产的土地增值税清算收入不含增值税应纳税额，即:
土地增值税清算收入=含税销售收入-增值税应纳税额=含税销售收入-含税销售收入÷（1+5%）×5%=含税销售收入÷（1+5%）
采用一般计税方法计税的房地产开发企业纳税人，其转让房地产的土地增值税清算收入不含增值税销项税额，即：
土地增值税清算收入=含增值税销售收入-销项税额=含税销售收入-销售额×税率=含税销售收入-（全部价款和价外费用-土地价款以及拆迁补偿费用）÷（1+11%）×11%
根据上述分析，按规定允许土地价款扣减销售额而减少的销项税额，应调增土地增值税清算收入，不是调减纳税人在土地增值税清算时确认的土地成本。
2、采用一般计税方法，计算缴纳土地增值税的影响分析
（1）按照《土地增值税暂行条例实施细则》规定：对从事房地产开发的纳税人，可按取得土地使用权所支付的金额与房地产开发成本之和加计20%扣除。按规定选择“允许以本项目土地价款扣减销售额而减少的销项税额,应调增土地增值税清算收入”，而不是选择“调减纳税人在土地增值税清算时确认的土地成本”，虽收入调增和土地成本调减数额大小一样，但是计算“其他扣除项目”时，土地成本可以加计20%扣除，进而放大土地成本调减数额为原数额的120%。
（2）根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第三条第（一）项规定：财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
第（二）项规定：凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。
因此，按规定允许以本项目土地价款扣减销售额而减少的销项税额，应调增土地增值税的清算收入，而不是选择调减纳税人在土地增值税清算时确认的土地成本，进而影响“房地产开发费用”或“其他房地产开发费用”的计算基数，选择“调增土地增值税清算收入”比选择“调减纳税人在土地增值税清算时确认的土地成本”，在计算土地增值税时，“房地产开发费用”或“其他房地产开发费用”扣除金额大。
（3）通过上述两项分析，按规定允许以本项目土地价款扣减销售额而减少的销项税额，应调增土地增值税的清算收入，而不是选择调减纳税人在土地增值税清算时确认的土地成本，既影响了房地产开发企业一般计税方法计税项目在计算土地增值税的可扣除成本，又影响了土地增值税计算的增值额。
同时考虑到土地增值税实行四级超率累进税率，以增值额与扣除项目金额的比例确定企业适用的税率，所以上述因素还影响了土地增值税清算适用的税率。
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