近期北京地税局下发工作通知，要求北京各地税分局加强“新三板”股权转让个人所得税申报管理工作。要求结合后续核查工作，全面掌握区域“新三板”挂牌企业情况及交易情况，同时积极稳妥做好与“新三板”挂牌企业及投资者政策解释、辅导工作。
2017年12月底，广东省地税局下发《关于开展新三板股权交易个人所得税风险核查工作的通知》，通知表示，近期国家税务总局通过抓取新三板2016年10月至2017年9月公布的交易数据，获取纳税人交易时间、交易数量及涉及金额，被投资企业信息、买方信息等资料。
通过卖方个人名称与被投资公司所属主管税务机关进行关联，与系统中申报数据进行对比，筛选“股权转让交易额在500万及以上应申报未申报”的风险疑点，并形成风险任务。
北京华税律师事务所主任、全国律协财税法专业委员会副主任兼秘书长刘天永告诉证券时报记者，事实上，这是新三板投资者首次面临交易环节除印花税外的缴税要求，不过根据此次税务总局核查的范围来看，并未将所有新三板市场的二级市场交易环节都纳入核查范围。此次指向比较明确的是针对高收入、高净值纳税人，具体而言500万及以上的交易将被重点关注。
刘天永分析，目前新三板的税收政策中，针对资本利得的部分仍是空白。此次重点核查的是500万及以上的交易，虽然这样的情况各地区尚不多见，但此次核查之后，往后的交易势必要纳入征税系统当中。
同时，地方税务系统根据税务总局文件内容进一步编写下发的文件中也表示，将选取一到两个典型案例的核查事项编写核查案例。此次核查行动，意味着相关税收政策将很快明确。
刘天永表示，结合此次核查内容及新三板税收政策精神，投资者在二级市场上高抛低吸赚的钱暂不需要缴税，缴税主要是指原始股东需要缴纳资本利得税，如果无法核实成本就进行核定征收，税率为20%。
期待政策明确细化
据一位接近税务部门的专家告诉记者，在实务操作中，新三板税务管理可以说是处于空白状态。
随着新三板市场的不断壮大，国家陆续出台了针对新三板的税收政策，对于新三板交易过程中的涉税事项，如有明确规定的，适用具体的文件规定；如果没有明确规定的，根据《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发〔2013〕49号），“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理”，这是从国家层面上对新三板市场的政策支持，其目的是鼓励和保护新三板市场的健康发展。
“此次核查是由财政部牵头。大方向肯定是要促进资本市场健康发展。相关税负问题待明确后不会对新三板交易构成负面影响。”接近税务部门的专家告诉证券时报记者，按照税务总局的一贯做法，在政策制定和操作执行的时候会更加谨慎，地方税务局在执行过程中可能存在一些差异，未来税务总局也将会对基层不规范的做法进行纠正。
刘天永表示，目前，新三板市场股票交易制度还处于不断完善中，加之交易规模也不大，相关免税政策还需要进一步酝酿。虽然新三板挂牌公司股息红利个人所得税和印花税政策同上市公司，但这并不意味着新三板市场投资者的资本利得能够豁免征税。
据相关人士介绍，在财政收入增长放缓的背景下，其设想可能是分层区别对待。比如最上层，未来可能与现在的主板类似，实行集合竞价交易，投资者门槛相对较低；下面的层次则根据企业不同情况，划定不同的交易方式与投资者准入门槛。在这个基础上，可以给予最上层相对更优惠的税率。
而根据此前证券时报·新三板论坛记者向一些地方税务局核实的情况来看，一些地方税务局确实向一些新三板小额交易的投资者也发出了征收个税的通知书，其依据是认为新三板公司不能等同于上市公司。（详见地税局确认新三板二级市场转让所得征税20%！投资者不服将申请复议）
因此，对于新三板税务征收及管理可以说还处于一个较为混沌的状态，投资者期待政策的进一步明确细化。
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